《蟲蟲特工隊》靈感取材自伊索寓言《螞蟻與蚱蜢》的故事，講述一段昆蟲世界的冒險之旅。在一個美麗的螞蟻王國，大家整日都在辛苦的工作。而有一只名叫飛力的螞蟻有著自己的愛好-發明創造。不過盡管他辛辛苦苦法發明了一種“收割機”，但王國的統治者蟻后和公主還是看不起他和他的發明。螞蟻王國最大的威脅是一群蝗蟲，這群蝗蟲總是搶奪螞蟻們的勞動成果-糧食，他們是螞蟻王國的一大塊烏云。在一次蝗蟲進行掠奪時，飛力為了保護他的發明把糧食碰到了懸崖下。惱火的蝗蟲抓住了公主的妹妹小不點來出氣。緊要關頭，飛力挺身而出，怒斥蝗蟲軍團的頭目霸王。為了得到更多的糧食，霸王放開了小不點，他威脅說如果他下次來得不到雙倍的糧食他將血洗螞蟻王國。由于飛力把糧食都弄丟了，大家把心中的恐懼和不滿都發泄在他的身上，螞蟻王國決定驅逐飛力。為了留在自己的祖國，飛力提出了一項建議：他將去找比蝗蟲更大的蟲子來趕走蝗蟲。由于沒有什么更好的辦法，螞蟻王國給了飛力一次機會去兌現他的承諾。飛力來到了城市，在這里他看到了一群昆蟲打敗了一群無賴的挑釁，這使得飛力對他們十分崇拜，認為他們就是能夠打敗蝗蟲的“大蟲子”。實際上這群昆蟲是一群失業的馬戲團演員，有甲蟲、螳螂、蜘蛛等。他們正在找事作，于是便接受了飛力的邀請，但并沒有說明他們的身份。來到了螞蟻王國，螞蟻們并不十分相信這些模樣古怪的昆蟲，并且昆蟲們自己也有些害怕，打了退堂鼓，準備離開這里。雖然得知昆蟲們的真實身份后飛力很失望，但他極力阻止昆蟲們離開，否則他會被螞蟻們認為是個大騙子。后來昆蟲智斗小鳥，救出了飛力和小不點，得到了螞蟻們的好感，也找回了自信心。由于飛力受到了小鳥的啟發，決定做一支假鳥來嚇退蝗蟲。假鳥完成了，霸王也帶著它的惡棍軍團逼近了螞蟻王國。孰料這時馬戲團的老板來找他的昆蟲演員了。當螞蟻們得知昆蟲們是馬戲團的演員時，失望萬分。螞蟻王國驅逐了飛力和昆蟲們。恰恰這時，蝗蟲軍團來了。在小不點的勸說下，飛力和昆蟲們決定一起迎戰蝗蟲。雖然假鳥開始嚇住了蝗蟲的進攻，但狡猾的霸王識破了飛力的假鳥，準備一舉摧毀螞蟻王國。不料出現了一只真鳥，而霸王以為這還是飛力的詭計，毫不退讓，于是成了鳥兒的腹中餐。于是蝗蟲們潰不成軍。又是一個春來到，原公主當上了蟻后，飛力也受到了嘉獎。而昆蟲們，回到了他們的城市。一個完美的結局。